Dãy núi Himalaya thuộc Bhutan thống trị phía bắc của đất nước, nơi các đỉnh úi có thể dễ thấy đạt tới 7000 mét (22.966 ft); điểm cao nhất ở Bhutan là Gangkhar Puensum, nơi có sự khác biệt là ngọn núi cao nhất chưa từng có trên thế giới, ở độ cao 7570 mét (24.840 ft). Thời tiết khắc nghiệt ở vùng núi: các đỉnh núi cao có tuyết vĩnh cửu, và những ngọn núi thấp hơn và hẻm núi hewn có gió lớn quanh năm, khiến chúng trở thành những đường hầm gió nâu trong mùa hè, và những vùng đất hoang đông lạnh vào mùa đông. Các trận bão tuyết phát sinh ở phía bắc mỗi mùa đông thường trôi dạt về phía nam vào vùng sơn nguyên trung tâm.

Bên dưới tảng đá và băng của các đỉnh núi cao nhất là một vòng cung rộng lớn của bụi cây và đồng cỏ miền núi Himalaya miền Đông, trong đó có, ngoài đồng cỏ, nhiều loại cây Đỗ quyên và thực vật thân thảo.

Cao nguyên là phần đông dân nhất của quốc gia; thủ đô Thimphu nằm ở khu vực phía tây. Khu vực này được đặc trưng bởi nhiều con sông của nó (chảy vào Brahmaputra của Ấn Độ), các thung lũng biệt lập của nó, nơi cư trú của hầu hết dân số và các khu rừng rộng lớn bao phủ 70% dân số. Các vùng cao nguyên có rừng cây lá kim phía đông Himalaya ở độ cao cao hơn và rừng lá rộng Himalaya phía Đông ở độ cao thấp hơn. Mùa đông lạnh, mùa hè nóng; mùa mưa được đi kèm với lở đất thường xuyên

Các thung lũng của Bhutan được liên kết bởi một loạt các đèo ("La" trong tiếng Dzongkha). Giữa thung lũng Haa và Thung lũng Paro là Chele La (3.780 mét (12,402 ft)). Chele La vượt qua cao nhất vượt qua bởi một đường cao tốc Bhutan. Con đường bên kia từ Thimphu đến Punakha đi qua Dochu La (3.116 mét (10.223 ft)), có 108 phù đồ được xây dựng để kỷ niệm việc trục xuất du kích Assam. Phía đông của Wangdue Phodrang là Pele La (3.390 mét (11,122 ft)). Tiếp tục về phía đông dọc theo đường cao tốc chính, các đường chính khác bao gồm Yotang La, Shertang La, Wangthang La, Thrumshing La và Kori La (2.298 mét (7,539 ft)).

Dải cực nam của quốc gia bao gồm chủ yếu là rừng lá rộng cận nhiệt đới Himalaya phân thành các vùng đồng bằng nhiệt đới của sa mạc Terai-Duar và đồng cỏ, điển hình hơn của Ấn Độ. Nó chủ yếu là đất nông nghiệp, sản xuất chủ yếu là gạo. Chỉ có hai phần trăm của Bhutan là đất canh tác, với phần lớn tập trung ở đây.

Nhiều thế kỷ của chủ nghĩa phong tỏa, dân số nhỏ, và những thái cực địa hình đã dẫn đến việc Bhutan duy trì một trong những hệ sinh thái nguyên vẹn nhất trên thế giới. Đất nước này nằm trong số mười quốc gia hàng đầu thế giới về mật độ loài (độ phong phú loài trên một đơn vị diện tích). Hơn năm mươi lăm giống thực vật tồn tại, bao gồm khoảng ba trăm loại thuốc. Hơn 770 loài động vật có vú và hơn 165 loài động vật có vú được biết là tồn tại, bao gồm nhiều loài quý hiếm và đang bị đe dọa như gấu trúc đỏ, báo tuyết và voọc vàng.